Идея строительства храма появилась в 1990 году, когда по инициативе Н. А. Лукиной был задуман проект воссоздания разрушенного Андреевского собора, но из-за недостатка финансирования общине пришлось остановиться на проекте маленькой церкви.
В апреле 1998 года благочинный Невского округа протоиерей Виктор Голубев совершил чин закладки храма святого праведного Иоанна Кронштадтского, после чего было начато строительство храма.